A partir de la entrada en operación del RUNT, las Direcciones Territoriales contarán con una herramienta robusta a través de la cual podrán realizar todos los trámites de su competencia, agilizando así la atención a usuarios y garantizando la óptima toma de decisiones en cada evento. 

Sus funciones son:

1. Ejecutar en el ámbito de su jurisdicción las políticas, planes, y programas aprobados por el Ministerio, relacionados con el transporte y tránsito terrestre automotor y adoptar las medidas necesarias para su cumplimiento.
2. Desarrollar en coordinación con las entidades adscritas que tengan funciones de tránsito o delegadas en materia de transporte, las políticas generales fijadas por el Ministerio en el territorio de su jurisdicción.
3. Ejecutar en el ámbito de su jurisdicción las políticas, planes, y programas, que se establezcan para la descentralización de las funciones relacionadas con el transporte y tránsito terrestre automotor.Otorgar, negar, modificar, reestructurar y revocar las rutas y horarios a las empresas  de transporte terrestre automotor de pasajeros y mixto por carretera, que tengan rutas autorizadas, origen y destino dentro de su jurisdicción, cuando el servicio sea regulado.
4. Llevar el registro de las rutas y horarios, que tengan origen y destino dentro de su jurisdicción, de acuerdo con la reglamentación que para este efecto se expida, cuando exista régimen de libertad en el servicio.
5. Otorgar, negar, modificar y revocar la habilitación a las empresas de transporte terrestre automotor de: Pasajeros, carga, mixto, turismo y especial, por carretera que tengan sede principal en su jurisdicción.
6. Fijar previo estudio técnico, la capacidad transportadora a las empresas de transporte de pasajeros, carga y mixto por carretera y expedir, modificar o cancelar las tarjetas de operación para los vehículos vinculados a las empresas de transporte, de acuerdo con la capacidad asignada para los nuevos servicios.
7. Mantener actualizado el sistema de información sobre los fondos de reposición constituidos.
8. Expedir los registros relacionados con transporte de mercancías peligrosas.
9. Expedir las planillas de viaje ocasional, los certificados de capacitación a los Centros de Enseñanza Automovilística, las licencias de instructor y las tarjetas de servicios para vehículos de enseñanza.
10. Asesorar y supervisar a las autoridades regionales de su jurisdicción en lo relacionado con los trámites delegados en materia de transporte y tránsito, de conformidad con las normas legales vigentes.
11. Controlar, evaluar y hacer el seguimiento de los planes y proyectos a su cargo.Las demás que le sean asignadas.